1、時間短、速度快傳統的熱殺菌是通過熱傳導、對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳到內部，要達到殺菌溫度，往往需要很長時間。微波殺菌是微波與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應和非熱效應結合在一起，達到快速降溫殺菌的目的，處理時間大大縮短，對各種材料的殺菌一般在3-5分鐘。
2、低溫殺菌保持了傳統風味的營養成分和微波殺菌是通過特殊的加熱和非熱效應殺菌，與傳統的熱殺菌相比，可以在較低的溫度和較短的時間內獲得所需的殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80攝氏度，可以達到效果，除了微波加工食品還可以保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味，具有膨脹性效果。
3、節能傳統的熱殺菌往往是在環境和設備上有熱損失，而微波是直接對食品，所以沒有額外的熱損失。相比之下，它通常可以節省30%到50%。
4. 均勻徹底的常規熱滅菌從材料表面開始，通過熱傳導到內部，內部與外部存在溫差。保持風味，縮短加工時間。食品內部溫度往往達不到足以影響殺菌效果的程度。由于微波能起到穿透作用，在對食品進行整體加工時，表面和內部同時作用，所以消毒滅菌均勻徹底。
5、易于控制的微波干燥操作滅菌處理，該設備可立即使用，沒有傳統的熱滅菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率可調，傳輸速度從零開始連續可調，操作方便。和傳統方法相比，微波設備不需要鍋爐、復雜的管道系統、煤場和運輸車輛，只要具備基本的水電條件即可。